З історією університету тісно переплітається діяльність профспілкової організації, яка була створена ще в довоєнні роки. Спочатку їх було дві: профспілкова організація працівників і, окремо, студентів. Роботою профспілкової організації працівників керував місцевий комітет, а профспілковою студентською організацією – профспілковий комітет студентів. Від 1991 року обидві організації об’єднані в одну.
Профспілкова організація університету є лідером профспілкового освітянського руху в області. У 1984 році профорганізацію було визнано однією з кращих серед профколективів ВНЗ України і нагороджено перехідним прапором ЦК Профспілки України.
У різні роки очолювали роботу місцевкому і профкому Я. І. Тевлін, П. Л. Касярум, І. С. Луцик, Г. А. Бугаєнко, Р. К. Бутенко, О. Г. Демченко, В. С. Вареник, Л. В. Гафінова, В. М. Марущак, І. І. Фурман, В. С. Лизогуб, Ю. В. Лазарчук, М. Г. Чобітько, М. О. Курченко, А. І. Стеценко.
Від часу створення і донині профспілкова організація бере безпосередню участь у житті навчального закладу, сприяє розвитку і вдосконаленню системи освіти, поліпшенню охорони здоров’я, умов праці і побуту, підвищенню рівня добробуту членів профспілки.
Із метою створення належних умов для відпочинку та оздоровлення працівників і студентів у 1965 році було розпочато, а в 1980-х роках завершено будівництво спортивно-оздоровчої бази в Сокирному. У придбанні твердого і м’якого інвентарю для укомплектування будиночків значну фінансову допомогу надав обласний комітет Профспілки працівників освіти і науки.
Зміцнення профспілкової організації відбувалося одночасно з перетвореннями, які проходили в інституті: створювалися нові факультети, зростала кількість студентів, викладачів. Назріла потреба в будівництві студентських гуртожитків, житла для працівників. Поступово з 1965 до 1986 рр. було збудовано 5 гуртожитків для студентів. У 1968 р. поруч з університетом було розпочато будівництво кооперативного будинку, призначеного для викладачів і вчителів міста. У 1980-х роках 5-7 викладацьких сімей щорічно отримували житло. У 2003 році було здано в експлуатацію житловий будинок, в якому 54 родини працівників університету отримали квартири. Усю роботу щодо організації житлово-будівельного кооперативу, оформленню документів виконував профком.
На початку 1980-х років відбулися певні зміни у структурі профспілкової організації. З окремих профгруп, які входили до складу місцевкому, створено факультетські профспілкові організації.
У цей самий час розпочато ведення Книги пошани працівників університету. Кандидатури, рекомендовані за поданням місцевкому, погоджувалися з ректором, оформлялися наказом по інституту.
За ініціативою профбюро факультетів було запроваджено практику проведення конкурсів на кращий гуртожиток і на кращу кімнату в гуртожитку. Хід змагання широко висвітлювався в стінних газетах, переможцям вручали подарунки. У 1987 р. гуртожиток № 1 було визнано переможцем у всеукраїнському конкурсі.
Тривалий час щороку 12-18 працівників мали змогу оздоровитися у всесоюзних пансіонатах. Починаючи з 2014 року, коли Фонд соціального страхування припинив видачу путівок, профком університету започаткував часткову компенсацію витрат на санаторне лікування.
Разом із адміністрацією університету профком традиційно бере участь у вітанні ювілярів, вшануванні ветеранів, наданні матеріальної допомоги членам профспілки, які опинилися в скрутній ситуації.
За сприяння обкому Профспілки працівників освіти і науки та завдяки активній підтримці адміністрації університету у 2001 році на базі гуртожитку № 2 створено санаторій-профілакторій для студентів «Едем».
Починаючи з 1997 року започатковано укладання колективного договору між ректором і трудовим колективом, уповноваженим від якого є голова профспілкової організації.
Одним із пріоритетних напрямів діяльності профспілкового комітету стала робота з дітьми працівників щодо організації їхнього оздоровлення. Щоліта діти мають можливість відпочити, набратися сил у дитячому таборі, створеному при університеті, та в дитячому оздоровчому таборі санаторного типу «Мрія» Черкаського обкому Профспілки працівників освіти і науки України. Уже стало традицією проведення спортивних змагань «Веселі старти», «Дня першокласника», новорічних ранків. Із 2015 року розпочато діяльність дитячих гуртків і секцій на базі університету.
За сприяння профкому щорічно проводяться різноманітні спортивно-масові заходи: фестивалі народної творчості працівників та студентської молоді, конкурси, свята, вечори, зустрічі, виставки, спортивні змагання, культпоходи на перегляд вистав, концертів, туристичні поїздки та екскурсії вихідного дня.
Перед колективом, а значить і перед профспілковою організацією, якою з 10 березня 2021 року керує нинішній її голова – І. І. Погрібний, постають нові завдання. Та на першому плані завжди буде турбота і увага про створення добробуту для кожного члена профспілки, кожного працівника, ветерана, студента, відстоювання їхніх соціально-економічних, трудових прав та задоволення духовних інтересів.